Кофакторы окислительно-восстановительных процессов Никотинамидные кофакторы
Большое число дегидрогеназ, катализирующих важные процессы метаболизма в живом организме, содержат в качестве кофермента никотинамидные кофакторы. К числу пиридинзависимых дегидрогеназ относится около 200 ферментов, которые катализируют восстановление NAD и NADР различными органическими субстратами. Большая часть из них является NAD-зависимыми, сто – NADР-зависимыми и около 50-ти дегидрогеназ специфичных и к NAD и к NADР. В большинстве клеток (исключение составляют клетки листьев растений) NAD присутствует в значительно больших количествах, чем NADН, то есть окисленной формы всегда больше, чем восстановленной (NAD+/NADН = 2-4). В отношении фосфорилированной формы никотиновых кофакторов отмечают, что NADРН всегда больше, чем NADР, то есть восстановленной формы всегда больше, чем окисленной (NADР+/NADРН <1). В листьях растений концентрация NAD, NADН, NADР и NADРН примерно одинакова.
При участии NAD и NADР-зависимых дегидрогеназ осуществляются обратимые реакции дегидрирования спиртов, оксикислот и некоторых аминокислот с образованием альдегидов, кетонов, и кетокислот. В общем виде эти реакции можно изобразить следующим образом:
В большинстве случаев NAD-зависимые процессы могут быть и NADР-зависимыми. К NAD(Р)-зависимым дегидрогеназам относятся, например, лактатдегидрогеназа, глюкозо-6-фосфатдегидрогеназа, глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназа и др.
Никотинамидные кофакторы впервые были идентифицированы О. Варбургом в 1935 году. Молекула NAD состоит из двух гетероциклов – пиридинового и аденинового, соединенных цепочкой из двух остатков рибозы и остатка пирофосфорной кислоты (рис. 1.4.2). Остатки D-рибозы соединяют атом азота аденина и атом азота никотинамида гликозидной связью.
Рис. 1.4.2. Структура NAD+ и NADР+
При физиологических значениях рН заряд всей молекулы равен «-1», так как один отрицательный заряд остатка пирофосфорной кислоты нейтрализуется положительным зарядом на атоме азота в никотинамидном кольце. В молекуле NADР появляются дополнительные ионизированные группировки, поэтому, при физиологических значениях рН суммарный заряд молекулы NADР равен «-3».
В водных растворах NAD и NADР проявляют слабокислые свойства. NAD является полифункциональной молекулой, содержащей катионные и анионные группы. Остатки рибозы и пирофосфатная группа сообщают ей ярко выраженный полярный характер, в то время как пиридиновый и пуриновый циклы гидрофобны. Вследствие такого разнообразия свойств молекула NAD взаимодействует не только с большим числом апоферментов, но и с различными низкомолекулярными соединениями.
NAD и NADР играют ключевую роль в биологическом окислении, участвуя в окислительно-восстановительных реакциях. Эти ферменты осуществляют отщепление двух эквивалентов водорода. Отщепляется так называемый гидрид-ион (водород с ионной парой Н¯). При этом кольцо разрывается, теряет ароматическую природу и становится хеноидным. Оставшийся протон водорода уходит в среду:
Таким образом NADН – это 1,4 дигидроникатинамидадениндинуклеотид. Рабочей частью молекулы NAD и NADР является никотинамидное кольцо (рис. 1.4.3).
Рис. 1.4.3. Рабочая часть молекулы никотинамидного кофактора
Установлено, что передача атома водорода от субстрата к NAD и NADР происходит непосредственно, то есть без обмена протона с водной средой. Присоединение водорода происходит стереоспецифически, то есть для данного фермента всегда по одну сторону пиридинового ядра. В зависимости от направления присоединения водорода все никотинамидные дегидрогеназы делят на А и В тип (рис. 1.4.4).
А тип | В тип |
Рис. 1.4.4. Типы присоединения водорода к пиридиновому ядру молекулы никотинамидного кофактора
К дегидрогеназам А типа относят дегидрогеназы спиртов, L-лактата, L-малата, D-глицерата. К дегидрогеназам В типа относят дегидрогеназу L-глутамата, D-глюкозы, D-глицеральдегид-3-фосфата.
NAD и NADН отличаются друг от друга по оптическим свойствам (рис. 1.4.5).
Рис. 1.4.5. Спектры поглощении NAD+ (1) и NADН (2)
Пик при 260 нм обусловлен наличием аденина, поэтому поглощают обе формы никотиновых кофакторов. Дополнительный пик при 340 нм появляется только для NADН, что обусловлено перестройкой пиридинового цикла, то есть в цикле исчезает одна двойная связь и кольцо приобретает хеноидный характер.
Стабильность окисленной и восстановленной форм никотинамидных коферментов меняется в зависимости от рН среды по-разному: восстановленная форма нестойка в кислых растворах, но устойчива в щелочных. Окисленная форма наоборот нестойка в щелочных растворах, но устойчива в кислых. В нейтральных растворах восстановленная форма менее стабильна, чем окисленная.
Показано, что в связывании кофактора с апобелком могут принимать участие NH2 группы как пиридинового, так и никотинамидного колец. Важное значение имеет гидрофобный характер пиридинового кольца и отрицательно заряженная пирофосфатная группировка, поскольку для большинства NAD и NADР-зависимых дегидрогеназ показано наличие в активном центре катионных участков, взаимодействующих при связывании с остатками фосфорной кислоты.
- Учебное пособие
- Раздел 1. Структура и свойства ферментов
- Инженерная энзимология. Иммобилизованные ферменты. Новые пути практического использования ферментов. Применение ферментов в промышленности, сельском хозяйстве, медицине
- Принцип классификации ферментов. Классы ферментов: оксидоредуктазы, трансферазы, гидролазы, лиазы, изомеразы, лигазы. Основные положения систематической и тривиальной номенклатуры ферментов
- Способы количественного выражения активности ферментов. Единицы активности. Удельная и молекулярная активность
- Методы определения активности ферментов: колориметрический, спектрофотометрический, флуориметрический, манометрический, биолюминесцентный и др.
- Прямой и непрямой оптический тест Варбурга. Расчет ферментативной активности при определении по конечной точке и при кинетическом определении
- Лекция 1.2 выделение и очистка ферментов
- Разрушение клеток и экстракция белков
- Тепловая денатурация
- Осаждение белков
- Гель-фильтрация
- Разделение белков путем адсорбции
- Выбор ионообменника
- Элюция адсорбированного белка
- Аффинная хроматография
- Гидрофобная хроматография
- Металлохелатная аффинная хроматография
- Высокоэффективная жидкостная хроматография
- Электрофорез
- Изоэлектрическое фокусирование
- Капиллярный электрофорез
- Двумерные системы электрофореза
- Кристаллизация белков
- Лекция 1.3 уровни структурной организации ферментов
- Многостадийный процесс образования пространственной структуры белка
- Механизмы регуляции процесса сворачивания полипептидной цепи внутри клетки
- Ферменты, участвующие в фолдинге белка
- Специальные белки, увеличивающие эффективность сворачивания полипептидной цепи в нативную конформацию
- Посттрансляционная модификация белка
- Роль доменов в пространственной организации молекул ферментов
- Увеличение числа доменов в ферменте и усложнение взаимодействий между ними
- Роль доменов в формирование активного центра фермента
- Роль доменов в регуляции ферментативной активности
- Роль доменов в связывание ферментов с мембранами
- Полифункциональные ферменты
- Бифункциональные ферменты, катализирующие реакции одного метаболического пути
- Бифункциональные ферменты, катализирующие противоположно направленные реакции
- Лекция 1.4 Кофакторы ферментов и их роль в катализе Коферменты, простетические группы, ионы металлов
- Классификация кофакторов
- Функции кофакторов
- Кофакторы окислительно-восстановительных процессов Никотинамидные кофакторы
- Кофакторы переноса групп Коферменты – производные пиридоксина
- Кофакторы процессов синтеза, изомеризации и расщепления с-с связей Биотин
- Роль металлов в функционировании ферментов
- Лекция 1.5. Топография активных центров простых и сложных ферментов
- Методы изучения активных центров ферментов
- Раздел 2. Кинетика и термодинамика
- Ферментативных реакций
- Лекция 2.1.
- Кинетика химических реакций
- Скорость химической реакции
- Основной постулат химической кинетики ‒ закон действия масс
- Реакции нулевого порядка
- Реакции первого порядка
- Реакции второго порядка
- Реакции третьего порядка
- Уравнения односторонних реакций 0-го, 1-го и 2-ого порядка
- Реакции нулевого порядка
- Реакции первого порядка
- Реакции второго порядка
- Молекулярность элементарных реакций
- Методы определения порядка реакции
- Зависимость скорости реакции от температуры. Уравнения Вант-Гоффа и Аррениуса.
- Катализ
- Лекция 2.2. Стационарная кинетика ферментативный реакций
- Уравнение Михаэлиса-Ментен
- Характеристика кинетических констант
- Методы определения Км и Vmax
- Лекция 2.3. Ингибиторы ферментов.
- Конкурентное ингибирование
- Неконкурентное ингибирование
- Бесконкурентное ингибирование
- Смешанный тип ингибирования
- Субстратное ингибирование
- Методы определения константы ингибирования. Метод Диксона
- Лекция 2.4 Ферменты, не подчиняющиеся кинетике Михаэлиса-Ментен
- Методы определения коэффициента Хилла
- Раздел 3.Механизмы ферментативного катализа
- Сущность явления катализа
- Стадии образования фермент-субстратного комплекса
- Природа сил, стабилизирующих различные конформационные состояния ферментсубстратного комплекса
- Электростатические взаимодействия
- Водородные связи
- Вандерваальсовы взаимодействия
- Гидрофобные взаимодействия
- Факторы, определяющие эффективность и специфичность ферментативного катализа
- Физико-химические механизмы ферментативного катализа
- Лекция 3.2
- Механизм действия гидролаз на примере карбоксипептидазы а
- Связывание субстрата карбоксипептидазой а
- Работы Липскомба с сотрудниками по установлению молекулярного механизма действия кпа
- Методы для изучения механизма действия ферментов
- Лекция 3.3 Специфичность – уникальное свойство ферментов
- Относительная или групповая специфичность действия
- Абсолютная специфичность действия
- Стереоспецифичность ферментов
- Концепция стерического соответствия «ключ-замок»
- Концепция индуцированного соответствия
- Раздел 4. Контроль активности ферментов лекция 4.1. Ферменты в клетке и организованных системах
- Распределение ферментов в клетке
- Ферменты, присутствующие в ядре
- Ферменты митохондрий
- Лизосомальные ферменты
- Ферменты эндоплазматического ретикулума
- Ферменты, локализованные в цитозоле
- Мембранные ферменты
- Уровни структурной организации ферментов в клетке
- Мультиферментные комплексы
- Пируватдегидрогеназный комплекс
- Мультиферментные конъюгаты
- Метаболоны
- Лекция 4.2 Изостерические и аллостерические механизмы регуляции активности ферментов
- Изостерическая регуляция
- Изоферменты
- Лекция 4.3 ковалентная модификация ферментов и ее типы
- Лекция 4.4
- Регуляция количества ферментов в клетке
- Контроль количества ферментов в клетке – процесс, зависящий от соотношения скоростей их биосинтеза и деградации.
- Время полужизни различных ферментов
- Фермент
- Аминокислоты
- Биосинтез ферментов и его регуляция на генетическом уровне. Конститутивные и индуцибельные (адаптивные) ферменты. Репрессия и индукция биосинтеза ферментов
- Убиквитин-протеосомный путь деградации белков у эукариот. Убиквитин – белок, маркирующий белки для деградации. Строение 26s протеосомы
- Раздел 5. Прикладное значение ферментов лекция 5.1. Генетическая инженерия ферментов
- Использование рекомбинантных ферментов
- Лекция 5.2 Ферменты в медицине (часть I)
- Энзимодиагностика Органная специфичность в распределении ферментов
- Ферменты сыворотки крови
- Факторы, влияющие на уровень ферментов во внеклеточной жидкости
- Диагностическое значение снижения ферментативной активности
- Неспецифическое повышение ферментативной активности
- Применение ферментов в качестве аналитических реагентов
- Лактатдегидрогеназа
- Лекция 5.3 Ферменты в медицине (часть II) Энзимопатии
- Врождённые (наследственные) энзимопатии
- Механизм возникновения наследственных энзимопатий
- Блок обмена веществ
- Примеры наследственных энзимопатий
- Приобретённые энзимопатии
- Энзимотерапия Использование ферментов в качестве лекарственных препаратов
- Использование ингибиторов ферментов в качестве лекарственных препаратов
- Библиографический список