Кофакторы переноса групп Коферменты – производные пиридоксина
Ряд различных реакций катализируется ферментами, коферментами которых являются производные пиридоксина (витамина В6).
Пиридоксин имеет следующее строение:
Рис. 1.4.16. Структура пиридоксина
Витамин В6 может давать различные производные, и они, а не сам витамин В6, входят в состав различных ферментов. Производными пиридоксина, играющими роль коферментов, являются пиридоксальфосфат и пиридоксаминфосфат, строение которых представлено ниже:
Рис. 1.4.17. Структура пиридоксальфосфата и пиридоксаминфосфата
Большинство ферментативных реакций, коферментами которых являются пиридоксальфосфат и пиридоксаминфосфат, связано с различными превращениями аминокислот. Однако было показано, что пиридоксальфосфат входит в состав фермента, который никакого отношения к превращениям аминокислот не имеет, а именно α-глюканфосфорилазы. Этот фермент катализирует перенос глюкозильных групп между различными полиглюкозидами (например, крахмалом или гликогеном) или неорганическим фосфатом. Роль пиридоксальфосфата в молекуле фосфорилазы заключается не в том, что он является ее коферментом, а в том, что альдегидная группа пиридоксальфосфата, связываясь с аминогруппами фермента, поддерживает третичную структуру молекулы фосфорилазы.
Одной из важных групп ферментов, у которых в качестве коферментов выступают пиридоксаль и его производные, являются аминотрансферазы, то есть ферменты, которые переносят аминогруппы от одного соединения на другое.
Реакция ферментативного переаминирования была открыта А. Е. Браунштейном с сотрудниками. Реакции переаминирования играют важную роль в обмене веществ. Наиболее важными реакциями переаминирования являются следующие три. Перваяиз них такова:
глютаминовая кислота |
| щавелевоуксусная кислота |
| α-кето- глутарат |
| аспарагиновая кислота |
CООH CH2 CH2 СН─ NН2 СОOН
|
+
| CООH СН2 С═ O СООН |
| CООH CH2 CH2 С═ O СОOН
|
+ | CООH CH2 СН─ NН2 СООН |
Вторая важная реакция переаминирования, катализируемая аминотрансферазой, это взаимодействие между глютаминовой и пировиноградной кислотами:
глютаминовая кислота |
| пировиноградная кислота |
| α-кето- глутарат |
| α-аланин
|
CООH CH2 CH2 СН─ NН2 СОOН |
+
| СН3 С═ O СООН |
| CООH CH2 CH2 С═ O СОOН |
+ | CH3 СН─ NН2 СООН |
В результате этой реакции из глютаминовой кислоты образуется α-кетоглютаровая кислота, а из пировиноградной кислоты α-аланин.
И наконец, третья реакция ферментативного переаминирования – это реакция между аспарагиновой кислотой и пировиноградной кислотой. В результате этой реакции образуется из аспарагиновой кислоты соответствующая ей кетокислота – щавелевоуксусная, а из пировиноградной кислоты – соответствующая ей аминокислота – α-аланин.
аспарагиновая кислота |
| пировиноградная кислота |
| щавелевоуксусная кислота |
| α-аланин
|
CООH CH2 СН─ NН2 СОOН |
+
| СН3 С═ O СООН |
| CООH СН2 С═ O СООН |
+ | CH3 СН─ NН2 СООН |
В последние годы, благодаря применению более чувствительных методов определения различных соединений, например метода хроматографии, удалось показать, что в живой клетке кроме трех указанных выше реакций протекают самые разнообразные реакции ферментативного переаминирования. Например, показано, что важную роль в обмене играют фосфопиридоксалевые ферменты, которые названы декарбоксилазами аминокислот. Эти ферменты катализируют отщепление от аминокислот углекислоты. Типичным представителем декарбоксилаз аминокислот является глютаматдекарбоксилаза, которая катализирует расщепление глютаминовой кислоты на СО2 и γ-аминомасляную кислоту. К числу декарбоксилаз аминокислот принадлежат также декарбоксилазы аспарагиновой кислоты или аспартатдекарбоксилазы. Под действием этих ферментов может происходить образование либо α-аланина, либо β-аланина, в зависимости от того, из какой карбоксильной группы аспарагиновой кислоты выделяется СО2.
- Учебное пособие
- Раздел 1. Структура и свойства ферментов
- Инженерная энзимология. Иммобилизованные ферменты. Новые пути практического использования ферментов. Применение ферментов в промышленности, сельском хозяйстве, медицине
- Принцип классификации ферментов. Классы ферментов: оксидоредуктазы, трансферазы, гидролазы, лиазы, изомеразы, лигазы. Основные положения систематической и тривиальной номенклатуры ферментов
- Способы количественного выражения активности ферментов. Единицы активности. Удельная и молекулярная активность
- Методы определения активности ферментов: колориметрический, спектрофотометрический, флуориметрический, манометрический, биолюминесцентный и др.
- Прямой и непрямой оптический тест Варбурга. Расчет ферментативной активности при определении по конечной точке и при кинетическом определении
- Лекция 1.2 выделение и очистка ферментов
- Разрушение клеток и экстракция белков
- Тепловая денатурация
- Осаждение белков
- Гель-фильтрация
- Разделение белков путем адсорбции
- Выбор ионообменника
- Элюция адсорбированного белка
- Аффинная хроматография
- Гидрофобная хроматография
- Металлохелатная аффинная хроматография
- Высокоэффективная жидкостная хроматография
- Электрофорез
- Изоэлектрическое фокусирование
- Капиллярный электрофорез
- Двумерные системы электрофореза
- Кристаллизация белков
- Лекция 1.3 уровни структурной организации ферментов
- Многостадийный процесс образования пространственной структуры белка
- Механизмы регуляции процесса сворачивания полипептидной цепи внутри клетки
- Ферменты, участвующие в фолдинге белка
- Специальные белки, увеличивающие эффективность сворачивания полипептидной цепи в нативную конформацию
- Посттрансляционная модификация белка
- Роль доменов в пространственной организации молекул ферментов
- Увеличение числа доменов в ферменте и усложнение взаимодействий между ними
- Роль доменов в формирование активного центра фермента
- Роль доменов в регуляции ферментативной активности
- Роль доменов в связывание ферментов с мембранами
- Полифункциональные ферменты
- Бифункциональные ферменты, катализирующие реакции одного метаболического пути
- Бифункциональные ферменты, катализирующие противоположно направленные реакции
- Лекция 1.4 Кофакторы ферментов и их роль в катализе Коферменты, простетические группы, ионы металлов
- Классификация кофакторов
- Функции кофакторов
- Кофакторы окислительно-восстановительных процессов Никотинамидные кофакторы
- Кофакторы переноса групп Коферменты – производные пиридоксина
- Кофакторы процессов синтеза, изомеризации и расщепления с-с связей Биотин
- Роль металлов в функционировании ферментов
- Лекция 1.5. Топография активных центров простых и сложных ферментов
- Методы изучения активных центров ферментов
- Раздел 2. Кинетика и термодинамика
- Ферментативных реакций
- Лекция 2.1.
- Кинетика химических реакций
- Скорость химической реакции
- Основной постулат химической кинетики ‒ закон действия масс
- Реакции нулевого порядка
- Реакции первого порядка
- Реакции второго порядка
- Реакции третьего порядка
- Уравнения односторонних реакций 0-го, 1-го и 2-ого порядка
- Реакции нулевого порядка
- Реакции первого порядка
- Реакции второго порядка
- Молекулярность элементарных реакций
- Методы определения порядка реакции
- Зависимость скорости реакции от температуры. Уравнения Вант-Гоффа и Аррениуса.
- Катализ
- Лекция 2.2. Стационарная кинетика ферментативный реакций
- Уравнение Михаэлиса-Ментен
- Характеристика кинетических констант
- Методы определения Км и Vmax
- Лекция 2.3. Ингибиторы ферментов.
- Конкурентное ингибирование
- Неконкурентное ингибирование
- Бесконкурентное ингибирование
- Смешанный тип ингибирования
- Субстратное ингибирование
- Методы определения константы ингибирования. Метод Диксона
- Лекция 2.4 Ферменты, не подчиняющиеся кинетике Михаэлиса-Ментен
- Методы определения коэффициента Хилла
- Раздел 3.Механизмы ферментативного катализа
- Сущность явления катализа
- Стадии образования фермент-субстратного комплекса
- Природа сил, стабилизирующих различные конформационные состояния ферментсубстратного комплекса
- Электростатические взаимодействия
- Водородные связи
- Вандерваальсовы взаимодействия
- Гидрофобные взаимодействия
- Факторы, определяющие эффективность и специфичность ферментативного катализа
- Физико-химические механизмы ферментативного катализа
- Лекция 3.2
- Механизм действия гидролаз на примере карбоксипептидазы а
- Связывание субстрата карбоксипептидазой а
- Работы Липскомба с сотрудниками по установлению молекулярного механизма действия кпа
- Методы для изучения механизма действия ферментов
- Лекция 3.3 Специфичность – уникальное свойство ферментов
- Относительная или групповая специфичность действия
- Абсолютная специфичность действия
- Стереоспецифичность ферментов
- Концепция стерического соответствия «ключ-замок»
- Концепция индуцированного соответствия
- Раздел 4. Контроль активности ферментов лекция 4.1. Ферменты в клетке и организованных системах
- Распределение ферментов в клетке
- Ферменты, присутствующие в ядре
- Ферменты митохондрий
- Лизосомальные ферменты
- Ферменты эндоплазматического ретикулума
- Ферменты, локализованные в цитозоле
- Мембранные ферменты
- Уровни структурной организации ферментов в клетке
- Мультиферментные комплексы
- Пируватдегидрогеназный комплекс
- Мультиферментные конъюгаты
- Метаболоны
- Лекция 4.2 Изостерические и аллостерические механизмы регуляции активности ферментов
- Изостерическая регуляция
- Изоферменты
- Лекция 4.3 ковалентная модификация ферментов и ее типы
- Лекция 4.4
- Регуляция количества ферментов в клетке
- Контроль количества ферментов в клетке – процесс, зависящий от соотношения скоростей их биосинтеза и деградации.
- Время полужизни различных ферментов
- Фермент
- Аминокислоты
- Биосинтез ферментов и его регуляция на генетическом уровне. Конститутивные и индуцибельные (адаптивные) ферменты. Репрессия и индукция биосинтеза ферментов
- Убиквитин-протеосомный путь деградации белков у эукариот. Убиквитин – белок, маркирующий белки для деградации. Строение 26s протеосомы
- Раздел 5. Прикладное значение ферментов лекция 5.1. Генетическая инженерия ферментов
- Использование рекомбинантных ферментов
- Лекция 5.2 Ферменты в медицине (часть I)
- Энзимодиагностика Органная специфичность в распределении ферментов
- Ферменты сыворотки крови
- Факторы, влияющие на уровень ферментов во внеклеточной жидкости
- Диагностическое значение снижения ферментативной активности
- Неспецифическое повышение ферментативной активности
- Применение ферментов в качестве аналитических реагентов
- Лактатдегидрогеназа
- Лекция 5.3 Ферменты в медицине (часть II) Энзимопатии
- Врождённые (наследственные) энзимопатии
- Механизм возникновения наследственных энзимопатий
- Блок обмена веществ
- Примеры наследственных энзимопатий
- Приобретённые энзимопатии
- Энзимотерапия Использование ферментов в качестве лекарственных препаратов
- Использование ингибиторов ферментов в качестве лекарственных препаратов
- Библиографический список