Посттрансляционная модификация белка
Полипетидная цепь – первичный продукт биосинтеза белка – часто подвергается химическим превращениям, изменяющим ее ковалентную структуру. Такие превращения могут происходить как в процессе трансляции (котрансляционная модификация), так и после её окончания, нередко уже после сформирования пространственной структуры белка. Многообразие этих реакций, завершающих созревание белка или видоизменяющих его функциональные свойства, очень велико – их число достигает 300-400. Иногда реакции посттрансляционной модификации называют nроцессингом. (от англ. processing – обработка), подчеркивая этим, что они как бы завершают биосинтез белка. Этот термин не вполне точен, поскольку некоторые реакции, например фосфорилирование, могут происходить с одной и той же молекулой неоднократно, регулируя ее активность, другие, вероятно, служат сигналом к расщеплению белка.
Обычно реакции посттрансляционной модификации катализируются специфическими ферментами, хотя известны и внутримолекулярные превращения белков, происходящие без участия «внешних» ферментов. Реакции посттрансляционной модификации, как правило, имеющие функциональный смысл, направленность, принято отличать от более или менее случайных повреждающих реакций, также весьма многочисленных, которые происходят с белками in vivo, отражаясь на их структурной целостности и функциональных свойствах. К ним относят, например, реакции окисления, случайный протеолиз и некаталитическое дезамидирование белка, присоединение глюкозы к аминогруппам некоторых белков, в частности гемоглобина, при ее повышенном содержании в крови при диабете и т.п.
Реакции посттрансляционной модификации являются нематричными процессами, они не кодируются непосредственно, поэтому нередко протекают неполно, что приводит к образованию множественных форм того или иного белка – продуктов частичного превращения.
Каков функциональный смысл реакций посттрансляционной модификации? На этот вопрос в обобщенной форме можно дать следующий ответ. Во-первых, несмотря на удивительное богатство структур, образуемых аминокислотными остатками и их ансамблями в пространственной структуре белка, это многообразие далеко не безгранично. Разумеется, образование комплексов с кофакторами (металлами, коферментами и т.п.) резко расширяет функциональные возможности белка. Однако и этот путь не всегда оказывается достаточным. В таких случаях структурная палитра белка может быть обогащена путем направленного преобразования боковых цепей тех или иных аминокислотных остатков, а иногда и молекулы в целом.
Во-вторых, что не менее важно, некоторые реакции посттрансляционной модификации, в особенности обратимые, позволяют управлять активностью белка или целых групп белков в ответ на изменяющиеся потребности клетки.
Заметим, что реакции посттрансляционной модификации в отличие от предшествующих им стадий трансляции очень индивидуальны, иногда свойственны только одному белку – к таким относятся, например, гидроксилирование остатков пролина в коллагене, иодирование тиреоглобулина и некоторые другие. Специфичность посттрансляционной модификации открывает перспективу избирательного воздействия на процессинг и, следовательно, функцию тех или иных белков.
- Учебное пособие
- Раздел 1. Структура и свойства ферментов
- Инженерная энзимология. Иммобилизованные ферменты. Новые пути практического использования ферментов. Применение ферментов в промышленности, сельском хозяйстве, медицине
- Принцип классификации ферментов. Классы ферментов: оксидоредуктазы, трансферазы, гидролазы, лиазы, изомеразы, лигазы. Основные положения систематической и тривиальной номенклатуры ферментов
- Способы количественного выражения активности ферментов. Единицы активности. Удельная и молекулярная активность
- Методы определения активности ферментов: колориметрический, спектрофотометрический, флуориметрический, манометрический, биолюминесцентный и др.
- Прямой и непрямой оптический тест Варбурга. Расчет ферментативной активности при определении по конечной точке и при кинетическом определении
- Лекция 1.2 выделение и очистка ферментов
- Разрушение клеток и экстракция белков
- Тепловая денатурация
- Осаждение белков
- Гель-фильтрация
- Разделение белков путем адсорбции
- Выбор ионообменника
- Элюция адсорбированного белка
- Аффинная хроматография
- Гидрофобная хроматография
- Металлохелатная аффинная хроматография
- Высокоэффективная жидкостная хроматография
- Электрофорез
- Изоэлектрическое фокусирование
- Капиллярный электрофорез
- Двумерные системы электрофореза
- Кристаллизация белков
- Лекция 1.3 уровни структурной организации ферментов
- Многостадийный процесс образования пространственной структуры белка
- Механизмы регуляции процесса сворачивания полипептидной цепи внутри клетки
- Ферменты, участвующие в фолдинге белка
- Специальные белки, увеличивающие эффективность сворачивания полипептидной цепи в нативную конформацию
- Посттрансляционная модификация белка
- Роль доменов в пространственной организации молекул ферментов
- Увеличение числа доменов в ферменте и усложнение взаимодействий между ними
- Роль доменов в формирование активного центра фермента
- Роль доменов в регуляции ферментативной активности
- Роль доменов в связывание ферментов с мембранами
- Полифункциональные ферменты
- Бифункциональные ферменты, катализирующие реакции одного метаболического пути
- Бифункциональные ферменты, катализирующие противоположно направленные реакции
- Лекция 1.4 Кофакторы ферментов и их роль в катализе Коферменты, простетические группы, ионы металлов
- Классификация кофакторов
- Функции кофакторов
- Кофакторы окислительно-восстановительных процессов Никотинамидные кофакторы
- Кофакторы переноса групп Коферменты – производные пиридоксина
- Кофакторы процессов синтеза, изомеризации и расщепления с-с связей Биотин
- Роль металлов в функционировании ферментов
- Лекция 1.5. Топография активных центров простых и сложных ферментов
- Методы изучения активных центров ферментов
- Раздел 2. Кинетика и термодинамика
- Ферментативных реакций
- Лекция 2.1.
- Кинетика химических реакций
- Скорость химической реакции
- Основной постулат химической кинетики ‒ закон действия масс
- Реакции нулевого порядка
- Реакции первого порядка
- Реакции второго порядка
- Реакции третьего порядка
- Уравнения односторонних реакций 0-го, 1-го и 2-ого порядка
- Реакции нулевого порядка
- Реакции первого порядка
- Реакции второго порядка
- Молекулярность элементарных реакций
- Методы определения порядка реакции
- Зависимость скорости реакции от температуры. Уравнения Вант-Гоффа и Аррениуса.
- Катализ
- Лекция 2.2. Стационарная кинетика ферментативный реакций
- Уравнение Михаэлиса-Ментен
- Характеристика кинетических констант
- Методы определения Км и Vmax
- Лекция 2.3. Ингибиторы ферментов.
- Конкурентное ингибирование
- Неконкурентное ингибирование
- Бесконкурентное ингибирование
- Смешанный тип ингибирования
- Субстратное ингибирование
- Методы определения константы ингибирования. Метод Диксона
- Лекция 2.4 Ферменты, не подчиняющиеся кинетике Михаэлиса-Ментен
- Методы определения коэффициента Хилла
- Раздел 3.Механизмы ферментативного катализа
- Сущность явления катализа
- Стадии образования фермент-субстратного комплекса
- Природа сил, стабилизирующих различные конформационные состояния ферментсубстратного комплекса
- Электростатические взаимодействия
- Водородные связи
- Вандерваальсовы взаимодействия
- Гидрофобные взаимодействия
- Факторы, определяющие эффективность и специфичность ферментативного катализа
- Физико-химические механизмы ферментативного катализа
- Лекция 3.2
- Механизм действия гидролаз на примере карбоксипептидазы а
- Связывание субстрата карбоксипептидазой а
- Работы Липскомба с сотрудниками по установлению молекулярного механизма действия кпа
- Методы для изучения механизма действия ферментов
- Лекция 3.3 Специфичность – уникальное свойство ферментов
- Относительная или групповая специфичность действия
- Абсолютная специфичность действия
- Стереоспецифичность ферментов
- Концепция стерического соответствия «ключ-замок»
- Концепция индуцированного соответствия
- Раздел 4. Контроль активности ферментов лекция 4.1. Ферменты в клетке и организованных системах
- Распределение ферментов в клетке
- Ферменты, присутствующие в ядре
- Ферменты митохондрий
- Лизосомальные ферменты
- Ферменты эндоплазматического ретикулума
- Ферменты, локализованные в цитозоле
- Мембранные ферменты
- Уровни структурной организации ферментов в клетке
- Мультиферментные комплексы
- Пируватдегидрогеназный комплекс
- Мультиферментные конъюгаты
- Метаболоны
- Лекция 4.2 Изостерические и аллостерические механизмы регуляции активности ферментов
- Изостерическая регуляция
- Изоферменты
- Лекция 4.3 ковалентная модификация ферментов и ее типы
- Лекция 4.4
- Регуляция количества ферментов в клетке
- Контроль количества ферментов в клетке – процесс, зависящий от соотношения скоростей их биосинтеза и деградации.
- Время полужизни различных ферментов
- Фермент
- Аминокислоты
- Биосинтез ферментов и его регуляция на генетическом уровне. Конститутивные и индуцибельные (адаптивные) ферменты. Репрессия и индукция биосинтеза ферментов
- Убиквитин-протеосомный путь деградации белков у эукариот. Убиквитин – белок, маркирующий белки для деградации. Строение 26s протеосомы
- Раздел 5. Прикладное значение ферментов лекция 5.1. Генетическая инженерия ферментов
- Использование рекомбинантных ферментов
- Лекция 5.2 Ферменты в медицине (часть I)
- Энзимодиагностика Органная специфичность в распределении ферментов
- Ферменты сыворотки крови
- Факторы, влияющие на уровень ферментов во внеклеточной жидкости
- Диагностическое значение снижения ферментативной активности
- Неспецифическое повышение ферментативной активности
- Применение ферментов в качестве аналитических реагентов
- Лактатдегидрогеназа
- Лекция 5.3 Ферменты в медицине (часть II) Энзимопатии
- Врождённые (наследственные) энзимопатии
- Механизм возникновения наследственных энзимопатий
- Блок обмена веществ
- Примеры наследственных энзимопатий
- Приобретённые энзимопатии
- Энзимотерапия Использование ферментов в качестве лекарственных препаратов
- Использование ингибиторов ферментов в качестве лекарственных препаратов
- Библиографический список