4.6.Порівняння послідовностей гена 16s рРнк у різних штамів-продуцентів лізину

Особлива увага до бактерій Brevibacterium зумовлена тим, що серед промислових продуцентів незамінних амінокислот близько 90% належить саме до цього роду.

Видова ідентифікація цих бактерій тривалий час базувалася на морфологічних відмінностях, використанні діагностичних середовищ та біохімічному аналізуванні. Такі дослідження часто давали неоднозначні результати, особливо у випадках споріднених родів і видів мікроорганізмів.

Останнім часом ідентифікація прокаріот успішно розвинулася на основі аналізу розбіжності або близькості послідовностей гена 16S рРНК, який вважається одним з найменш варіабельних генів.

Для аналізу послідовності гена 16S рРНК широко застосовуються методи, що ґрунтуються на полімеразній ланцюговій реакції [158, 160].

Метою цього етапу роботи було визначення та підтвердження таксономічного положення отриманого мутантного штаму-продуценту лізину Brevibacterium sp. ІМВ В-7447, визначення послідовностей гена 16S рРНК штамів-продуцентів лізину з Колекції та філогенетичний аналіз взаємовідносин зі штамами роду Brevibacterium з бази даних “GenBank” [166].

Для порівняння штамів-продуцентів лізину та мутантного штаму з Колекції із спорідненими штамами було виділено ДНК цих штамів і визначено нуклеотидну послідовність гена за 16S рРНК. Виділену ДНК було перевірено на чистоту за допомогою електрофорезу (рис. 4.8).

Ампліфікацію гена 16S рРНК здійснювали за допомогою універсальних бактеріальних праймерів 27f та 907r. Після ампліфікації гена 16S рРНК визначили нуклеотидну послідовність отриманого амплікону.

1 kb

Рис. 4.8 Електрофореграма продуктів ПЛР геномних ДНК досліджених штамів та наявність фрагменту гена 16S рРНК (27f-907r): 1 – Brevibacterium sp. ІМВ В-7447; 2 – Brevibacterium sp. E531; 3 – Brevibacterium sp. 90; 4- Brevibacterium sp. H

Отримані нуклеотидні послідовності гена 16S рРНК штамів Brevibacterium sp. 90, Brevibacterium sp. 90Н, Brevibacterium sp. Е531, Brevibacterium sp. ІМВ В-7447 наведено нижче:

Brevibacterium sp. 90

GCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAACGCTGAAGCACTGTGCTTGCACGGTGTGGATGAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTGAGTAACCTGCCCCTGACTTCGGGATAAGCTTGGGAAACTGGGTCTAATACCGGATGTGACTACTGGCCGCATGGTCTGGTGGTGGAAAGGGTTTTACTGGTTGGGGATGGACTCGCGGCCTATCAGTTTGTTGGTGGGGTAGTGGCCTACCAAGACGACGACGGGTAGCCGGCCTGAGAGGGCGACCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGGAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGCGGGATGACGGCCTTCGGGTTGTAAACCGCTTTCAGTAGGGAAGAAGCGAAAGTGACGGTACCTGCAGAAGAAGTACCGGCTAATACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGTACAAGCTTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGAGCTCGTAGGTGGTTGGTCGCGTCTCCTGTGGAAACGCAACGCTTAACGTTGCGCGTGCAGTGGGTACGAGCTGACTAGAGTGCAGTAGGGGAGTCTGGAATTCCTGGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGATATAAGGAGGAACACCGGTGGCGAAGGCGGGACTCTGGGCTGTAACTGACGCTGAGGAGCGAAAGCATGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCATGCCGTAAACGTTGGGAACTAGGTGTGGGGTCCGTTCCACGGATTCCGTGCCGGAGTAACGCATTAAGTTCCCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCC

Brevibacterium sp. 90H

CGAACGGGTGAGTAACACGTGAGTAACCTGCCCCTGACTTCGGGATAAGCCCGGGAAACTGGGTCTAATACCGGATACGACTGCCGGACGCATGTCTGGTGGTGGAAAGTTTTTTCGGTTGGGGATGGGCTCGCGGCCTATCAGTTTGTTGGTGAGGTAATGGCTCACCAAGACGACGACGGGTAGCCGGCCTGAGAGGGCGACCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCAGCGTGCGGGATGACGGCCTTCGGGTTGTAAACCGCTTTCAGCAGGGAAGAAGCGCAAGTGACGGTACCTGCAGAAGAAGTACCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGTACGAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGAGCTCGTAGGTGGTTGGTCACGTCTGCTGTGGAAACGCAACGCTTAACGTTGCGCGTGCAGTGGGTACGGGCTGACTAGAGTGCAGTAGGGGAGTCTGGAATTCCTGGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGATATCAGGAGGAACACCGGTGGCGAAGGCGGGACTCTGGGCTGTAACTGACACTGAGGAGCGAAAGCATGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCATGCCGTAAACGTTGGGCACTAGGTGTGGGGGGCATTCCACGTTCTCCGCGCCGTAGCTGACGCATTAAGTGCCCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGCCTGGTGCTTGCACCGGGTGGATGAGTGG

Brevibacterium sp. E 531

CCCTTCCAGCTTGCTGGGAGTGTGGTTGAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTGAGTAACCTGCCCTCCACTTCGGGATAAGCTTGGGAAACTGGGTCTAATACCGGATACGACCAGCCGAGGCATCTTGTGTTGGTGGAAAGTTTTTTCGGTGGGGGATGGGCTCGCGGCCTATCAGCTTGATGGTGGGGTAATGGCCTACCATGGCGACGACGGGTAGCCGGCCTGAGAGGGCGACCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGGAACCCTGATGCAGCGACGCAGCGTGCGGGATGACGGCCTTCGGGTTGTAAACCGCTTTCAGCAGGGAAGAAGCGGAAGTGACGGTACCTGCAGAAGAAGTACCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGTACGAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGAGCTCGTAGGTGGTTGGTCGCGTCTGCTGTGGAAACGCAACGCTTAACGTTGCGCGTGCAGTGGGTACGGGCTGACTAGAGTGCAGTAGGGGAGTCTGGAATTCCTGGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGATATCAGGAGGAACACCGGTGGCGAAGGCGGGACTCTGGGCTGTGACTGACACTGAGGAGCGAAAGCATGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCATGCCGTAAACGTTGGGCACTAGGTGTGGGGGGCATTCCACGTTCTCCGCGCCGTAGCTAACGCATTAAGTGCCCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGGCTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGCGGAGCATGCGGATTAATTCGATGCAACGCTTAACACATGCAAGTCGAACGCGAC

Brevibacterium sp. ІМВ В-7447

GCTGGCGGCGACACATGCAAGTCGAACGCTGAAGCACTGTGCTTGCACGGTGTGGATGAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTGAGTAACCTGCCCCTGACTTCGGGATAAGCTTGGGAAACTGGGTCTAATACCGGATGTGACTACTGGCCGCATGGTCTGGTGGTGGAAAGGGTTTTACTGGTTGGGGATGGACTGCTTATCGCGGCCTATCAGTTTGTTGGTGGGGTAGTGGCCTACCAAGACGACGACGGGTAGCCGGCCTGAGAGGGCGACCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGGAGCAGCGACGCCGCGTGCGGGATGACGGCCTTCGGGTTGTAAACCGCTTTCAGTAGGGAAGAAGCGAAAGTGACGGTACCTGCAGAAGAAGTACCGGCTAATACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGTACAAGCTTTGTACCCTGATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGAGCTCGTAGGTGGTTGGTCGCGTCTCCTGTGGAAACGCAACGCTTAACGTTGCGCGTGCAGTGGGTACGAGCTGACTAGAGTGCAGTAGGGGAGTCTGGAATTCCTGGTGTAGCGGTGAAATGCGGATATAAGGAGGAACACCGGTGGCGAAGGCGGGACTCTGGGCTGTAACTGACGCTGAGGAGCGAAAGCATGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCATGCCGTAAACGGGGAACTAGGTGTGGGGTCCGTTCCACGGATTCCGTGCCGGAGTAACGCATTAAGTTCCCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCTT

Аналіз послідовності гена 16S рРНК показав 98% подібності мутантного штаму Brevibacterium sp. ІМВ В-7447 зі штамом Brevibacterium sp. 90. Тобто підтверджено належність мутантного штаму Brevibacterium sp. ІМВ В-7447 до роду Brevibacterium.

Для встановлення відмінності між отриманим мутантним штамом та вихідним штамом проведено вирівнювання нуклеотидних послідовностей в програмі ClustalW [169].

Brevi.90 GCTGGCGGCG TGCTTAACAC ATGCAAGTCG AACGCTGAAG CACTGTGCTT ІМВ В-7447 GCTGGCGGCG ------ACAC ATGCAAGTCG AACGCTGAAG CACTGTGCTT Brevi.90H ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Brevi.E531 ---------- -------CCC TTCCA----- ---GCT---- -----TGCTG GCACGGTGTG GATGAGTGGC GAACGGGTGA GTAACACGTG AGTAACCTGC GCACGGTGTG GATGAGTGGC GAACGGGTGA GTAACACGTG AGTAACCTGC ---------- ---------C GAACGGGTGA GTAACACGTG AGTAACCTGC GGA--GTGTG GTTGAGTGGC GAACGGGTGA GTAACACGTG AGTAACCTGC CCCTGACTTC GGGATAAGCT TGGGAAACTG GGTCTAATAC CGGATGTGAC CCCTGACTTC GGGATAAGCT TGGGAAACTG GGTCTAATAC CGGATGTGAC CCCTGACTTC GGGATAAGCC CGGGAAACTG GGTCTAATAC CGGATACGAC CCTCCACTTC GGGATAAGCT TGGGAAACTG GGTCTAATAC CGGATACGAC TACTGGCCGC ATGGTCTGGT GGTGGAAAGG GTTTTACTGG TTGGGGATGG TACTGGCCGC ATGGTCTGGT GGTGGAAAGG GTTTTACTGG TTGGGGATGG TGCCGGACGC ATGTC-TGGT GGTGGAAA-- GTTTTTTCGG TTGGGGATGG CAGCCGAGGC ATCTTGTGTT GGTGGAAA-- GTTTTTTCGG TGGGGGATGG ACT------C GCGGCCTATC AGTTTGTTGG TGGGGTAGTG GCCTACCAAG ACTGCTTATC GCGGCCTATC AGTTTGTTGG TGGGGTAGTG GCCTACCAAG GCT------C GCGGCCTATC AGTTTGTTGG TGAGGTAATG GCTCACCAAG GCT------C GCGGCCTATC AGCTTGATGG TGGGGTAATG GCCTACCATG ACGACGACGG GTAGCCGGCC TGAGAGGGCG ACCGGCCACA CTGGGACTGA ACGACGACGG GTAGCCGGCC TGAGAGGGCG ACCGGCCACA CTGGGACTGA ACGACGACGG GTAGCCGGCC TGAGAGGGCG ACCGGCCACA CTGGGACTGA GCGACGACGG GTAGCCGGCC TGAGAGGGCG ACCGGCCACA CTGGGACTGA GACACGGCCC AGACTCCTAC GGGAGGCAGC AGTGGGGAAT ATTGCACAAT GACACGGCCC AGACTCCTAC GGGAGGCAGC AGTGGGGAAT ATTGCACAAT GACACGGCCC AGACTCCTAC GGGAGGCAGC AGTGGGGAAT ATTGCACAAT GACACGGCCC AGACTCCTAC GGGAGGCAGC AGTGGGGAAT ATTGCACAAT GGGGGGAACC CTGATGCAGC GACGCCGCGT GCGGGATGAC GGCCTTCGGG GGGGGGA--- -----GCAGC GACGCCGCGT GCGGGATGAC GGCCTTCGGG GGGGGAAACC CTGATGCAGC GACGCAGCGT GCGGGATGAC GGCCTTCGGG GGGGGGAACC CTGATGCAGC GACGCAGCGT GCGGGATGAC GGCCTTCGGG TTGTAAACCG CTTTCAGTAG GGAAGAAGCG AAAGTGACGG TACCTGCAGA TTGTAAACCG CTTTCAGTAG GGAAGAAGCG AAAGTGACGG TACCTGCAGA TTGTAAACCG CTTTCAGCAG GGAAGAAGCG CAAGTGACGG TACCTGCAGA TTGTAAACCG CTTTCAGCAG GGAAGAAGCG GAAGTGACGG TACCTGCAGA AGAAGTACCG GCTAA-TACG TGCCAGCAGC CGCGGTAATA CGTAGGGTAC AGAAGTACCG GCTAA-TACG TGCCAGCAGC CGCGGTAATA CGTAGGGTAC AGAAGTACCG GCTAACTACG TGCCAGCAGC CGCGGTAATA CGTAGGGTAC AGAAGTACCG GCTAACTACG TGCCAGCAGC CGCGGTAATA CGTAGGGTAC AAGCTTTGT- -------CCG GAATTATTGG GCGTAAAGAG CTCGTAGGTG AAGCTTTGTA CCCTGATCCG GAATTATTGG GCGTAAAGAG CTCGTAGGTG GAGCGTTGT- -------CCG GAATTATTGG GCGTAAAGAG CTCGTAGGTG GAGCGTTGT- -------CCG GAATTATTGG GCGTAAAGAG CTCGTAGGTG GTTGGTCGCG TCTCCTGTGG AAACGCAACG CTTAACGTTG CGCGTGCAGT GTTGGTCGCG TCTCCTGTGG AAACGCAACG CTTAACGTTG CGCGTGCAGT GTTGGTCACG TCTGCTGTGG AAACGCAACG CTTAACGTTG CGCGTGCAGT GTTGGTCGCG TCTGCTGTGG AAACGCAACG CTTAACGTTG CGCGTGCAGT GGGTACGAGC TGACTAGAGT GCAGTAGGGG AGTCTGGAAT TCCTGGTGTA GGGTACGAGC TGACTAGAGT GCAGTAGGGG AGTCTGGAAT TCCTGGTGTA GGGTACGGGC TGACTAGAGT GCAGTAGGGG AGTCTGGAAT TCCTGGTGTA GGGTACGGGC TGACTAGAGT GCAGTAGGGG AGTCTGGAAT TCCTGGTGTA GCGGTGAAAT GCGCAGATAT AAGGAGGAAC ACCGGTGGCG AAGGCGGGAC GCGGTGAAAT GCG--GATAT AAGGAGGAAC ACCGGTGGCG AAGGCGGGAC GCGGTGAAAT GCGCAGATAT CAGGAGGAAC ACCGGTGGCG AAGGCGGGAC GCGGTGAAAT GCGCAGATAT CAGGAGGAAC ACCGGTGGCG AAGGCGGGAC TCTGGGCTGT AACTGACGCT GAGGAGCGAA AGCATGGGGA GCGAACAGGA TCTGGGCTGT AACTGACGCT GAGGAGCGAA AGCATGGGGA GCGAACAGGA TCTGGGCTGT AACTGACACT GAGGAGCGAA AGCATGGGGA GCGAACAGGA TCTGGGCTGT GACTGACACT GAGGAGCGAA AGCATGGGGA GCGAACAGGA TTAGATACCC TGGTAGTCCA TGCCGTAAAC GTTGGGAACT AGGTGTGGGG TTAGATACCC TGGTAGTCCA TGCCGTAAAC G--GGGAACT AGGTGTGGGG TTAGATACCC TGGTAGTCCA TGCCGTAAAC GTTGGGCACT AGGTGTGGGG TTAGATACCC TGGTAGTCCA TGCCGTAAAC GTTGGGCACT AGGTGTGGGG TCCGTTCCAC GGATTCCGTG CCGGAG-TAA CGCATTAAGT TCCCCGCCTG TCCGTTCCAC GGATTCCGTG CCGGAG-TAA CGCATTAAGT TCCCCGCCTG GGCATTCCAC GTTCTCCGCG CCGTAGCTGA CGCATTAAGT GCCCCGCCTG GGCATTCCAC GTTCTCCGCG CCGTAGCTAA CGCATTAAGT GCCCCGCCTG GGGAGTACGG CCGCAAGGCT AAAACTCAAA GGAATTGACG GGGGCCC--- GGGAGTACGG CCGCAAGGCT AAAACTCAAA GGAATTGACG GGGGCCCTT- GGGAGTACGG TCGCAAGCCT ---------- ---------- GGTGCTTGCA GGGAGTACGG TCGCAAGGCT AAAACTCAAA GGAATTGACG GGGGCCCGCA ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- C---CGG--- -----GTGGA T--------- ---------- --------GA CAAGCGGCGG AGCATGCGGA TTAATTCGAT GCAACGCTTA ACACATGCAA ---------- ------------ --GTGG------ --GTCGAACGCG AC

На основі отриманих послідовностей гена 16S рРНК побудовано філогенетичне дерево для штамів Brevibacterium sp. 90, Brevibacterium sp. 90Н, Brevibacterium sp. Е531, Brevibacterium sp. ІМВ В-7447 з Колекції та таксономічно близьких до них представників родини бревібактерій (рис. 4.9).

Молекулярно-філогенетичний аналіз здійснено за допомогою методу максимальної правдоподібності (мaximum likelihood) з використанням моделі Tamura-Nei [167] для оцінки еволюційної відстані. Кількість повторів (bootstrap) – 1000. На рисунку представлено філогенетичне дерево з найвищим значенням логарифму подібності (log-likelihood value) – 2018,5. Всього було використано 18 нуклеотидних послідовностей.

У рамках кожної філогенетичної групи рівень подібності складав 97% і більше. Філогенетичне дерево, побудоване іншим, аналогічним методом приєднання сусідів (Neighbor-joining) мало таку ж топологію. Аналізування було проведено в програмі MEGA6 [161].

За допомогою молекулярно-філогенетичного аналізу послідовності гена 16S рРНК підтверджено належність штамів-продуцентів незамінних амінокислот аспартатної родини з Колекції до роду Brevibacterium.

Рис. 4.9 Дендрограма філогенетичних взаємовідносин деяких представників роду Brevibacterium

Проведено встановлення філогенетичних зв’язків досліджуваних штамів та споріднених з ними штамів бревібактерій із баз даних “Genbank”. Визначено, що штами-продуценти з Колекції належать до трьох груп. До першої відносяться штами Brevibacterium sp. 90Н, Brevibacterium sp. FXJ8.052, Brevibacterium casei DY 40-62, Brevibacterium ammoniilyticum A1, до другої – Brevibacterium sp. Е531, Brevibacterium sp. BS05, до третьої – Brevibacterium sp. 90, Brevibacterium sp. TUT та отриманий мутантний штам Brevibacterium sp. ІМВ В-7447. Показано, що Brevibacterium sp. 90 ідентичний до Brevibacterium sp. gene for 16S rRNA на 100%, Brevibacterium sp. 90H ідентичний Brevibacterium sp. FXJ8.052 на 100% і Brevibacterium sp. E 531 ідентичний Brevibacterium sp. BS05 на 100%. Встановлено, що гомологія нуклеотидних послідовностей гена 16S рРНК Brevibacterium sp. 90 та Brevibacterium sp. ІМВ В-7447 складала 98%. Підтверджено належність мутантного штаму Brevibacterium sp. ІМВ В-7447 до роду Brevibacterium та встановлено, що він не мав аналогів в базі даних «GenBank».