Строение атp-синтазного комплекса. Механизм образования атp. Обратимость реакции, катализируемой атp-синтазой. Разобщение транспорта электронов и синтеза атp; действие 2,4-динитрофенола
В настоящее время протонные АТР-синтазы выделены практически из всех типов сопрягающих мембран: митохондрий, хлоропластов, хроматофоров. АТР-синтазный комплекс (Н+-АТРаза) – обратимый фермент, обладающий как АТР-синтазной, так и АТРазной активностью. Синтез АТР осуществляется за счет протонного градиента ΔμН+, а гидролиз АТР приводит к тому, что протонная АТРаза сопряженно генерирует трансмембранную разность электрохимического потенциала Н+. В Н+-АТРазе происходят процессы по общей схеме:
АТР-синтаза
ΔμН+ ↔ АТР
АТРаза
АТР-синтазный комплекс (F0F1-АТРаза) состоит из растворимой АТР-синтазы (фактор F1) и мембранных компонентов (комплекс F0) (Рис.27.2).
Сопрягающий фактор АТР-синтазы (F1 для митохондрий и CF1 для хлоропластов) представляет собой полифункциональный белок, имеющий сложную четвертичную структуру. Он построен из трех типов крупных субъединиц – α, β, γ с молекулярной массой 30000-60000 Да и двух типов минорных субъединиц δ, ε с молекулярной массой 11000-20000 Да. Стехиометрия комплекса – 3α3βγδε. Разложение его на субъединицы ведет к потере ферментативной активности. «Шляпка» высотой 80Å и шириной 100Å грибовидного выроста АТР-синтазы соответствует фактору F1, частично погруженному в мембрану, в основании которого находится гидрофобный белок комплекса F0, который включает 3 типа полипептидов (a,b,c) с молекулярными массами от 6500 до 30000 кДа и обеспечивает связывание фактора F1 с мембраной и перенос протонов при работе фермента.
Рис.27.2. Общая топография АТР-синтазного комплекса
F1 – сопрягающий фактор, Fo – протонный канал (пояснения в тексте)
Комплекс F1 может поворачиваться вокруг оси, совпадающей по направлению с субъединицей γ. При повороте на 120º каждая из α и β-субъединиц перемещается на место другой такой же, а при повороте на 60º субъединицы меняются местами. В силу некоторой асимметричности вращение F1-комплекса переводит его β-субъединицы при каждом повороте в новое положение, где они попадают в другое микроокружение. Это и приводит к изменению состояния и конформационной перестройке активных центров при вращении F1. Каждый из трех активных центров в результате вращения F1-комплекса может поочередно находиться в одном из трех конформационных состояний, которые различаются по степени сродства молекул АТР, АDP и Pi к каталитическому центру. В состоянии 1 центр β-субъединицы открыт и в нем связываются молекулы АDP и Pн, которые сравнительно слабо удерживаются центром.
Вращение и конформационные перестройки комплекса F1 переводят этот центр в состояние 2, где непосредственно происходит синтез АТP. Здесь АDP и Pн прочно фиксируются в каталитическом центре, находясь в активной конфигурации, необходимой для образования ковалентной связи между фосфатными группами АDP и Pн. Поэтому на этой стадии не требуется притока энергии извне. В состоянии 2 в каталитическом центре самопроизвольно идет образование и разрыв ковалентной связи АDP-P, поскольку константа равновесия АТP↔АDP+Pi близка к единице.
На следующем этапе центр переходит в состояние 3, где за счет энергозависимой структурной перестройки происходит ослабление прочной связи молекулы АТP с центром и выход ее наружу. На освободившееся место из раствора приходят новые молекулы АDP и Pн. Перестройки носят кооперативный характер и затрагивают состояние всех трех каталитических центров β-субъединиц. Поскольку весь цикл включает 3 этапа, а в Н+-АТР-синтазе имеется 3 субъединицы, то после каждого структурного перехода в растворе появляется новая молекула АТР.
F0 формирует канал, по которому протоны поступают к активному центру АТРазы. Проводимость протонов носит специфический характер и подавляется антибиотиком олигомицином и ДЦКД (N,N′-дициклогексилкарбодиимид), ингибиторами Н+-АТР-синтазы. Особым образом организованный канал обеспечивает прохождение протона через всю мембрану из водной фазы в гидрофобную область мембраны, а затем из нее в воду по другую сторону от липопротеинового барьера. Основную роль в переносе играет ДЦКД-связывающий протеолипид. Предполагают, что он располагается поперек мембраны, так что полярная часть оказывается на внешней поверхности мембраны и служит входом в канал. Наиболее вероятным механизмом переноса протона представляется эстафетная передача по протон-донорным и протон-акцепторным группам аминокислот, включая остатки аргинина, тирозина, глутамина.
Комплекс F0 ‒ вращающийся ансамбль субъединиц с 9-12 остановками, позволяющими прерывать поток протонов. Временное связывание протонов может осуществляться остатком аспарагиновой кислоты на каждой субъединице. Каждый поворот γ-субъединицы внутри комплекса происходит в соответствии с тем, заполнено ли гидролитическое место АТР или АDP и Pн. Эти конформационные изменения (механические изменения структуры) обеспечивает перенос протонов водорода на каждый третий этап цикла. Связывание, гидролиз и освобождение АТP и ADP в F0-F1-АТP-синтазе зависит от величин и геометрии расположения заряда в активном состоянии. Пока еще не ясна природа и расположение заряженных групп, ответственных за непосредственное вращение молекулярного мотора Н-АТP-синтазы.
- Лекции по курсу биохимия и молекулярная биология для студентов направления биология
- Оглавление
- Введение
- Модуль 1. Статическая биохимия
- Лекция 1
- Строение, свойства, биологическая роль
- Моно – и олигосахаридов
- Классификация углеводов
- Моносахариды
- Стереоизомерия моносахаридов
- Представители моносахаридов
- Олигосахариды
- Отдельные представители дисахаридов
- Лекция 2 строение, свойства, биологическая роль
- Отдельные представители полисахаридов
- Лекция 3 строение, свойства, биологическая роль простых липидов
- Классификация
- Стероиды
- Желчные кислоты
- Лекция 4 строение, свойства, биологическая роль сложных липидов
- Лекция 5 аминокислотный состав белков Белки и их функции
- Функции белков
- Элементарный состав белков
- Методы выделения и очистки белков
- Аминокислотный состав белков
- Химические свойства аминокислот
- Классификация аминокислот, заменимые и незаменимые аминокислоты
- Лекция 6 уровни структурной организации белков Структурная организация белков
- Первичная структура белка: методы исследования. Структурные особенности пептидной связи
- Номенклатура пептидов и полипептидов. Природные пептиды: глутатион, карнозин, ансерин, грамицидин s, окситоцин, энкефалины
- Отдельные представители пептидов
- Вторичная структура белков: -спираль, ее основные характеристики, -структура, -изгиб. Роль водородных связей в формировании вторичной структуры. Сверхвторичные (надвторичные) структуры белка
- Третичная структура белков. Типы нековалентных связей, стабилизирующих третичную структуру. Роль s-s-мостиков в формировании третичной структуры некоторых белков
- Заимодействия между субъединицами, стабилизирующие четвертичную структуру. Функциональное значение четвертичной структуры белков
- Лекция 7
- Физико-химические свойства белков
- Ионизация, гидратация, растворимость,
- Осмотические и онкотические свойства, оптические свойства
- Молекулярная масса и размеры белков. Методы определения молекулярной массы белков. Необходимость применения комплекса методов для точной оценки молекулярной массы белков
- Денатурация белков
- Лекция 8 классификация белков. Простые и сложные белки Принципы классификации белков
- Фибриллярные белки
- Глобулярные белки
- Сложные белки
- Липопротеины
- Гликопротеины
- Протеогликаны
- Фосфопротеины
- Металлопротеины
- Нуклеопротеины
- Хромопротеины
- Гемоглобин
- Миоглобин
- Цитохромы электронтранспортной цепи
- Хлорофиллы
- Флавопротеины
- Лекция 9 сложные белки Гликопротеины
- Фосфопротеины
- Липопротеины
- Металлопротеины
- Лекция 10 строение, свойства, биологическая роль нуклеотидов
- Циклические нуклеотиды
- Лекция 11 строение, свойства, биологическая роль нуклеиновых кислот
- Рибосомальные рнк
- Лекция 12 витамины – биологическая роль, классификация. Водорастворимые витамины
- Витамин в1 (тиамин)
- Витамин в2 (рибофлавин)
- Витамин в3 (рр, никотиновая кислота, никотинамид)
- Витамин в5 (пантотеновая кислота)
- Витамин в6 (пиридоксин, пиридоксаль, пиридоксамин)
- Витамин в9 (фолиевая кислота)
- Витамин в12 (кобалами)
- Витамин н (биотин)
- Витамин с (аскорбиновая кислота)
- Витамин р (рутин)
- Лекция 13 жирорастворимые витамины Витамин а (ретинол)
- Витамин d (кальциферол)
- Витамин е (токоферол)
- Витамин к (нафтохинон)
- Лекция 14
- Ферменты – строение: свойства, механизм действия
- Понятие о ферментах.
- Сущность явлений ферментативного катализа
- Структурная организация ферментов
- 3. Роль металлов в регуляции aктивности ферментов
- Изоферменты: биологическая роль
- Механизм действия ферментов
- Специфичность действия ферментов
- Стационарная кинетика ферментативных реакций
- Концентрация субстрата
- Концентрация фермента
- Температура
- Уравнение Михаэлиса-Ментен
- Единицы ферментов
- Лекция 15
- Ингибиторы ферментов
- Регуляция каталитичекой активности ферментов
- Изостерическая регуляция
- Аллостерический контроль активности ферментов
- Регуляция ферментов ковалентной модификацией
- Регуляция ферментов ограниченным протеолизом (активация зимогенов)
- Регуляция активности мультиэнзимных комплексов
- Классификация и номенклатура ферментов
- Характеристика отдельных классов ферментов
- Ферменты в клинической диагностике. Энзимопатии
- Модуль II. Динамическая биохимия
- Катаболические, анаболические, амфиболические пути
- Метаболизм углеводов
- Расщепление углеводов в пищеварительном тракте
- Переваривание углеводов в ротовой полости
- Переваривание углеводов в кишечнике
- Амилолитические ферменты: характеристика Панкреатическая -амилаза
- Сахаразо-изомальтазный комплекс
- Гликоамилазный комплекс
- Трегалаза
- Всасывание моносахаридов в тонком кишечнике и их дальнейший транспорт. Глюкозные транспортеры
- Всасывание моносахаридов в кишечнике
- Транспорт глюкозы из крови в клетки
- Лекция 17
- Анаэробный катаболизм углеводов
- Анаэробное окисление глюкозы. Гликолиз. Внутриклеточная
- Локализация процесса
- Отдельные реакции гликолиза, их термодинамические характеристики. Образование 2,3-дифосфоглицерата в шунте Рапопорта-Люберинга
- Расщепление гликогена (гликогенолиз). Строение, механизм действия и регуляция гликогенфосфорилазы
- Спиртовое и молочнокислое брожение
- Лекция 18
- Аэробный катаболизм углеводов (часть 1)
- Аэробный метаболизм пирувата. Митохондрии: структура
- И энергетические функции
- Окислительное декарбоксилирование пирувата. Строение
- Цикл лимонной кислоты. Отдельные реакции цикла, их термодинамическая характеристики. Суммарное уравнение окисления ацетил-CоА в цикле Кребса
- Лекция 19
- Аэробный катаболизм углеводов (часть 2)
- Регуляция цикла Кребса на уровне цитратсинтазы,
- Изоцитратдегидрогеназы и -кетоглутаратдегидрогеназного комплекса
- Амфиболическое значение цикла Кребса. Необходимость анаплеротических путей, пополняющих запас компонентов, участвующих в цикле
- Зависимое от атp и биотина карбоксилирование пирувата: анаплеротический путь синтеза оксалоацетата
- Пентозофосфатный путь (гексозомонофосфатный шунт)
- Отдельные реакции пфп, их термодинамические характеристики.
- Суммарное уравнение пентозофосфатного пути.
- Регуляция пентозофосфатного пути на уровне
- Глюкозо-6-фосфатдегидрогеназы
- Участки перекреста пфп с гликолизом
- Циклический характер пфп
- Лекция 20 биосинтез углеводов
- Глюконеогенез
- В последующей реакции, катализируемой ферментом фосфоенолпируваткарбоксикиназой, из оксалоацетата образуется фосфоенолпируват. Реакция Mg2-зависимая и донором фосфата служит gtp.
- Лекция 21 расщепление пищевых и тканевых липидов
- Катаболизм липидов
- Всасывание продуктов расщепления липидов
- Транспорт липидов
- Метаболизм глицерола
- Лекция 22 катаболизм жирных кислот
- Активация жирной кислоты
- Транспорт ацил-СоА в митохондрии
- Катаболизм ненасыщенных жирных кислот
- Катаболизм жирных кислот с нечетным числом атомов углерода
- Образование кетоновых тел (кетогенез)
- Кетоновые тела как источники энергии
- Глиоксилатный цикл
- Лекция 23 биосинтез жирных кислот и триацилглицеролов
- Строение синтазы жирных кислот
- Механизм синтеза жирных кислот
- Транспорт ацетил-СоА из митохондрий в цитозоль
- Образование малонил-СоА
- Наращивание (элонгация) углеродной цепи жирной кислоты
- Синтез других предельных и непредельных жк
- Биосинтез триацилглицеролов
- Лекция 24 биосинтез холестерола и желчных кислот
- Биосинтез холестерола
- Регуляция биосинтеза хс
- Биосинтез желчных кислот
- Лекция 25
- Биологическое окисление. Ферменты, участвующие в биологическом окислении
- Свободное окисление и его биологическая роль. Цитохром р-450
- Микросомальная система окисления
- Механизм гидроксилирования
- Лекция 26
- Цепь переноса электронов и протонов внутренней мембраны
- Митохондрий (дыхательная цепь, редокс-цепь). Компоненты
- Дыхательной цепи: флавопротеины, железосерные белки, коэнзим q, цитохромы в, с1, с, аа3. Топография дыхательных переносчиков
- В редокс-цепи
- Убихинон окисленный CoQ
- Энергетическое значение ступенчатого транспорта электронов от окисляемых субстратов к молекулярному кислороду. Окислительное фосфорилирование в дыхательной цепи
- Организация компонентов дыхательной цепи в виде четырех
- Локализация пунктов сопряжения окисления и фосфорилирования в дыхательной цепи на основании редокс-потенциалов, действия специфических ингибиторов (ротенон, амитал, антимицин а, цианид, со, NaN3)
- Полные и редуцированные дыхательные цепи
- Лекция 27
- Строение атp-синтазного комплекса. Механизм образования атp. Обратимость реакции, катализируемой атp-синтазой. Разобщение транспорта электронов и синтеза атp; действие 2,4-динитрофенола
- Механизм образования атp
- Окисление цитоплазматического nadh в дыхательной цепи. Глицеролфосфатный и малат-аспартатный челночные механизм
- Лекция 28 интеграция клеточного метаболизма
- Основные аспекты регуляции метаболизма
- Регуляция на уровне транскрипции
- Аллостерическая регуляция активности ферментов
- Ковалентная модификация ферментов
- Гормональная регуляция
- Посттранскрипционная и посттрансляционная модификация макромолекул
- Изменение концентрации метаболитов
- Мембранная регуляция
- Модуль III. Молекулярная биология лекция 29 репликация днк
- Точность репликации
- Репликация днк у эукариот
- Репаративный синтез днк
- Лекция 30 транскрипция (биосинтез рнк)
- Транскрипция у прокариот
- Инициация транскрипции
- Элонгация транскрипции
- Терминация транскрипции
- Транскрипция у эукариот
- Механизм индукции на примере Lac-оперона
- Катаболитная репрессия
- Лекция 31 тРансляция (биосинтез белка)
- Роль тРнк в трансляции
- Аминоацил-тРнк-синтетазы
- Белоксинтезирующая система клетки
- Эффективность трансляции
- Точность белкового синтеза
- Энергетические затраты на трансляцию
- Посттрансляционные модификации полипептидной цепи
- Библиографический список Основная литература
- Дополнительная литература