29. Физическая теория фазовых переходов. Понятие фазового перехода. Типы фазовых переходов. Образование и разрушение пространственной структуры белка с позиции теории фазовых переходов.
Фаза вещества – это состояние вещества, которому в данных условиях соответствует минимум свободной энергии. При изменении условий могут происходить переходы между фазами, изменение фазового состояния вещества. По характеру изменения свободной энергии выделяют три типа фазовых переходов.
ФП 1 рода.
В процессе ФП наблюдается только начальное и конечное состояния, невозможно уловить промежуточные состояния. ФП происходит в узком диапазоне условий, зависимость свободной энергии от условий носит S-образный характер. Изменение фазы происходит по принципу "Всё или Ничего". Стабильные состояния между ФП 1 рода разделены достаточно высоким энергетическим барьером, поэтому они происходят достаточно длительное время.
ФП 2 рода.
Для этого типа ФП характерно постепенное изменение фазы через многочисленные промежуточные состояния, принцип "Всё или Ничего" отсутствует. Скачок энергии в малом диапазоне условий отсутствует, поэтому ФП 2 рода происходят быстро и в более широком диапазоне условий. При достижении температуры ФП происходит скачок теплоёмкости системы, в результате дальнейший рост температуры сопровождается слабым ростом энергии.
Нефазовые переходы.
Для них характерно значительное изменение упорядоченности системы без изменения её агрегатного состояния и размерности.
В процессах денатурации и ренатурации белка разные стадии представляют собой фазовые переходы разного рода. Для малых белков процесс можно считать одностадийным. Этот процесс происходит как ФП 1 рода.
Для крупных белков этот процесс многостадийный, и разные его стадии происходят как ФП разного рода.
Ранние этапы самосборки различаются в зависимости от типа вторичной структуры.
Образование α-спирали происходит как нефазовый переход, так как оба фазовых состояния одномерны и не происходит изменения границы фаз.
Образование β-листов происходит как ФП 1 рода, площадь контакта цепи с листом зависит от размера контактирующих элементов. Процесс образования β-структуры происходит значительно дольше.
Процесс образования и разрушения нативной структуры происходит как ФП 1 рода. В процессе этого перехода происходит изменение энтропии системы, компенсированное изменением свободной энергии. Это обеспечивается наличием большого числа слабых связей с низкой энергией.
К ФП 2 рода могут относиться процессы образования и разрушения доменных структур, которые часто сопровождаются ростом теплоёмкости системы.
- Биофизика
- 1. Биофизика как наука. Предмет, задачи и объект исследования биофизики. Философские проблемы биофизики.
- 5. Химическая реакция с обратной связью. Построение простейшей математической модели. Определение координат особых точек, их типа и степени устойчивости.
- 6. Модель "Хищник – Жертва". Определение координат особых точек, их типа и степени устойчивости.
- 7. Мультистационарность. Понятие о биологических триггерах. Способы переключения в триггерных системах. Понятие о бифуркациях.
- 8. Автоколебательные процессы в биологических системах. Их свойства и условия возникновения.
- 10. Динамический хаос. Его характеристика. Динамический хаос и самоорганизующиеся системы. Значение динамического хаоса для самоорганизующихся систем.
- 11. Первый и второй законы термодинамики. Их формулировка и физический смысл. Обратимые и необратимые процессы.
- 12. Понятие термодинамического равновесия. Равновесные и неравновесные системы. Критерии эволюции системы к состоянию термодинамического равновесия.
- 13. Принципы экстремумов в термодинамике. Их сущность и значение.
- 14. Энтропия. Её физический смысл с позиций термодинамики и молекулярной физики. Связь энтропии и информации.
- 15. Изменение энтропии в открытых системах. Определение скорости продукции энтропии в открытых системах.
- 16. Понятие термодинамического равновесия. Общие свойства систем вблизи термодинамического равновесия.
- 17. Сравнительная характеристика стационарного состояния и термодинамического равновесия. Критерии эволюции системы к стационарному состоянию. Теорема Пригожина.
- 19. Скорость продуцирования энтропии вблизи стационарного состояния системы. Теорема Пригожина.
- 20. Общие свойства систем вдали от термодинамического равновесия.
- 21. Диссипативные структуры: их классификация. Условия возникновения диссипативных структур. Характеристика отдельных видов диссипативных структур.
- 22. Информация в биологии.
- 23. Феномен белка в биофизике. Уникальность строения и свойств белка.
- 24. Элементарные взаимодействия в белках. Их виды. Ковалентные, координационные связи и силы Ван-дер-Ваальса. Их характеристика.
- 25. Элементарные взаимодействия в белках. Водородные связи и гидрофобные взаимодействия. Их характеристика.
- 26. Первичная структура белка. Пептидная связь и её свойства. Пространственная конфигурация полипептидной цепи. Факторы её определяющие. Карты Рамачандрана.
- 27. Вторичная структура белка. Типы вторичной структуры, их особенности. Образование вторичной структуры белка.
- 28. Третичная структура белка. Классификация белков по типу третичной структуры.
- 29. Физическая теория фазовых переходов. Понятие фазового перехода. Типы фазовых переходов. Образование и разрушение пространственной структуры белка с позиции теории фазовых переходов.
- 30. Денатурация белка. Её термодинамическая характеристика. Этапы денатурации белка. Механизмы денатурации. Способы денатурации.
- 32. Механизмы ферментативного катализа на примере работы сериновых протеаз.
- 33. Конформационные изменения в белке. Их значение для работы белка.
- 34. Внутримолекулярная динамика белка. Изменения конформации гемоглобина при оксигенации. Роль аллостерических регуляторов.
- 35. Прогнозирование и дизайн белковых структур.
- 37. Законы поглощения электромагнитного излучения веществом. Спектрофотометрия, её физические основы.
- 38. Спектроскопические методы в биофизике. Их физические основы, задачи спектроскопии, классификация спектроскопических методов.
- 39. Метод электронного парамагнитного резонанса. Физические принципы и применение в изучении биополимеров.
- 40. Метод ядерного магнитного резонанса. Физические принципы и применение в изучении биополимеров.
- 41. Метод мессбауэровской спектроскопии. Его физические принципы и использование в изучении биополимеров.
- 42. Использование поляризованного света в изучении биополимеров.
- 43. Рентгеноструктурный анализ. Его физические принципы и использование при изучении биополимеров.
- 45. Фазовые переходы в биологических мембранах. Их характеристика и функциональное значение.
- 46. Свободнорадикальное окисление в биологических мембранах. Характеристика процесса и его значение для клетки.
- 47. Транспорт веществ через мембраны. Термодинамическая характеристика процесса. Ионное равновесие в мембранных системах. Уравнение Нернста для равновесного потенциала.
- 48. Электродиффузионная теория пассивного транспорта. Уравнение Нернста-Планка. Его вывод и решение.
- 49. Пассивный транспорт неполярных веществ. Уравнение Нернста-Планка для транспорта неполярных веществ. Закон Фика. Механизмы транспорта неполярных соединений.
- 50. Уравнение Гольдмана. Его вывод и физический смысл. Понятие проницаемости и проводимости мембраны.
- 51. Классификация транспорта веществ через мембраны. Термодинамическая и биологическая характеристика отдельных видов транспорта.
- 52. Ионный транспорт через каналы. Основные свойства ионных каналов. Общий план строения ионного канала. Физические принципы работы ионного канала.
- 53. Регуляция работы ионных каналов. Механизмы регуляции. Фармакологическая блокада ионных каналов.
- 54. Облегчённая диффузия. Характеристика процесса.
- 55. Мембранный потенциал покоя. Его механизмы. Расчёт величины мембранного потенциала.
- 56. Мембранный потенциал действия. Механизмы и общие свойства мембранного потенциала действия. Расчёт величины мембранного потенциала действия.
- 57. Модель Ходжкина-Хаксли. Её характеристика и значение для биофизики клетки.
- 58. Молекулярные механизмы сопряжения окисления и фосфорилирования.
- 59. Молекулярные механизмы активного транспорта.
- 60. Молекулярная организация сократительного аппарата миофибрилл.
- 61. Мостиковая гипотеза мышечного сокращения. Рабочий цикл мостика, его этапы. Механизмы механохимического сопряжения в сократительном аппарате.
- 62. Механика и энергетика мышечного сокращения.
- 63. Миграция энергии и электронов в биологических структурах.
- 64. Фотобиологические процессы. Их значение для живой материи. Классификация фотобиологических процессов. Общие закономерности фотобиологических процессов.
- 65. Фотопревращения бактериородопсина. Их характеристика.
- 66. Фотоинформационные и фоторегуляционные процессы.
- 67. Фотодеструктивные процессы. Их общая характеристика. Фотосенсибилизация, её виды и механизмы. Основные типы фотодеструктивных изменений в биологических молекулах.
- 69. Фотодеструктивные процессы. Действие ультрафиолетового излучения на нуклеиновые кислоты. Механизмы фотореактивации и фотозащиты.
- 70. Фотодеструктивные процессы. Их общая характеристика. Действие ультрафиолетового излучения на белки.
- 71. Виды ионизирующих излучений. Их физическая характеристика. Понятие дозы ионизирующего излучения. Виды дозиметрических показателей.
- 72. Действие ионизирующего излучения на вещество.
- 75. Действие ионизирующего излучения на биологические макромолекулы. Механизмы радиационного повреждения макромолекул. Модификация радиочувствительности.
- 76. Действие ионизирующего излучения на клеточном уровне.