Локализация

Бокаловидные клетки являются составной частью эпителиальной выстилки кишечника, встречаясь во всех его отделах, как в криптах, исключая дно крипты, так и на ворсинках.

На кишечных ворсинках, бокаловидные клетки располагаются поодиночке, среди каёмчатых энтероцитов, но обычно отсутствуют на самой вершине ворсинки.

В тонкой кишке бокаловидные клетки наиболее многочисленны в основании крипт; в верхней части крипт и у основания ворсинок они распределены равномерно, на ворсинках их число невелико, они составляют 9,5 % от всех клеток эпителиального пласта. Число бокаловидных клеток увеличивается в дистальном направлении кишки.

Кроме кишечника, бокаловидные клетки имеются в слизистой оболочке дыхательных путей, в конъюнктиве глаз, протоках поджелудочной и околоушных слюнных желёз. В дыхательных путях больше всего бокаловидных клеток находится в экстраторакальной части трахеи, с уменьшением диаметра бронхов их количество существенно сокращается, а в бронхиолах менее 1 мм их нет совсем.